Церковь построена в 1292 году архиепископом Климентом на месте обретения в начале XII века чудотворной иконы святителя Николая Мирликийского. Это самый ранний из сохранившихся на Руси храмов, построенных после монгольского нашествия. Работы по его реставрации проводились несколько раз, в том числе в 2017–2019 годах. В настоящее время памятник восстановлен в первоначальных формах и включен в экскурсионный показ. Знаменитая храмовая икона «Никола Липный» представлена в экспозиции Новгородского музея-заповедника.
Глава государства подарил храму икону «Господь Вседержитель». Образ написан в традициях иконописи Мстеры XIX века темперными красками. Киот с позолоченной рамой и оклад изготовлены в мастерских Свято-Троицкого Братства города Щигры.
По завершении рождественского богослужения Владимир Путин ответил на вопрос журналиста.
