Новое музейное пространство организовано в подвальных помещениях бывшего административного здания, где учёным Института археологии РАН удалось сделать уникальные по своей значимости открытия, обнаружив культурные отложения и остатки построек XII – начала XIII века, периода становления Москвы, и фрагменты монастырских построек XIV–XVI веков, памятники раннемосковского каменного зодчества. Все эти находки было решено сделать объектами музейного показа, в связи с чем Президентом летом 2016 года было дано поручение создать подземный музейный комплекс.
Президента при осмотре экспозиции сопровождали Министр культуры Ольга Любимова, вице-президент РАН, директор Института археологии РАН Николай Макаров и комендант Московского Кремля Сергей Удовенко.
